Certos programas não vem com a opção de iniciar junto com o Windows, mas isso pode ser resolvido de duas maneiras bem simples.
Primeiro mostra-rei a maneira mais simples, crie um atalho para o programa/arquivo e arraste-o para Iniciar > Todos os programas > Inicializar (%USERPROFILE%\Menu Iniciar\Programas\Inicializar).
Ai tudo pronto, no próximo logon que fizer na máquina o programa inicializará automaticamente.
Já a outra maneira de iniciar programas com o Windows é um pouco complicado para alguns.
Primeiro abra o RegEdit, para isso vá em Executar e digite “regedit” (com ou sem as aspas) e navegue até a chave HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run, agora vá no menu Editar > Novo > Valor da seqüência e digite um nome, agora dê um duplo clique e na área Dados do Valor cole o endereço do programa/arquivo.
Espero que a dica seja útil, e até a próxima.