O modo mais difícil e complicado de desinstalar o Windows Messenger é esse, mas assim você ganha experiência 
.
Abra Painel de controle, e abra Adicionar ou remover programas, agora clique em Adicionar/Remover componentes do Windows. Desmarque Windows Messenger e clique em Avançar. (Essa dica também serve para outros componentes). Aguarde cerca de um minuto e clique em concluir.
Na verdade, o Windows Messenger não ficará desinstalado, na verdade ele fica apenas oculto e para restaurá-lo faça o contrário desse processo.
